群体微生物研究中心聚焦于群体微生物学这一国际新兴科研领域，主要针对华南热带亚热带区域引起严重病害的微生物病原菌，深化病原微生物群体感应系统研究。主要研究领域有以下三个方面：

(1) 微生物群体感应系统

发现和研究新型微生物群体感应信号，鉴定其通讯机理以及群体感应系统在调控微生物致病基因表达过程中的作用和生物学基础。

(2) 病原-寄主跨界通讯机制

探讨与解析病原-寄主跨界通讯系统以及关键致病因子与寄主的互作, 比如病毒蛋白与寄主免疫反应通讯系统的分子互作机理及其对病害发生发展的作用，以及毒素分子对寄主的分子毒理及寄主反应与调控机制。

(3) 微生物生物膜与耐药性调控机理

研究环境信号包括群体感应信号及第二信使cyclic-di-GMP对微生物生物膜形成和降解的调控机理及其对微生物抗药性和微生物修复代谢过程的影响。